As bactérias (incluindo as cianobactérias) apresentam alto poder de reprodução assexuada por bipartição. Por esse processo, em algumas horas, sob condições ambientais adequadas , uma única bactéria pode dar origem a milhares de descendentes geneticamente idênticos entre si, formando clones. Por divisão das células , as formas coloniais crescem. No caso das cianobactérias filamentosas, há outra forma de reprodução assexuada: podem ocorrer quebras em determinados pontos , formando fragmentos denominados hormogônios, cujas células se dividem , e o filamento cresce novamente. É comum entre as bactérias a formação de estruturas de resistência , os esporos. Nas cianobactérias filamentosas há formação de esporos chamados acinetos, e nas demais bactérias há formação de esporos chamados endósporos . Estes são produzidos no interior da célula , quando as condições do meio se tornam adversas. O endósporo resiste até que as condições melhorem; muitos se mantém até mesmo em água fervente. A indústria de alimentos preocupa-se em tomar providências para que os endósporos não estejam presentes durante o processo de acondicionamento dos alimentos.
